Drážní inspekce má čtyři územní inspektoráty, které svou působností pokrývají celé území republiky. Jednotlivé kraje jsou přiřazeny jednotlivým územním inspektorátům takto:
Ostrava
- Moravskoslezský
- Olomoucký (části)
- Zlínský (sever)
Brno
- Jihočeský (části)
- Jihomoravský
- Královehradecký (části)
- Olomoucký (části)
- Pardubický
- Vysočina (části)
- Zlínský (jih)
Praha
- Hlavní město Praha
- Královéhradecký (části)
- Liberecký
- Středočeský (části)
- Ústecký (části)
Plzeň
- Jihočeský (části)
- Karlovarský
- Plzeňský
- Středočeský (části)
- Ústecký (části)
- Vysočina (části)