Drážní inspekce má čtyři územní inspektoráty, které svou působností pokrývají celé území republiky. Jednotlivé kraje jsou přiřazeny jednotlivým územním inspektorátům takto:
Ostrava
- Moravskoslezský
- Olomoucký
- Zlínský (sever)
Brno
- Jihomoravský
- Pardubický
- Vysočina
- Zlínský (jih)
Praha
- Hlavní město Praha
- Královéhradecký
- Liberecký
- Středočeský
- Ústecký
Plzeň
- Jihočeský
- Karlovarský
- Plzeňský